夫妻不在一起满二年经调解无效的，会判决准予离婚，不存在自动离婚的情形。人民审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，应当准予离婚。
【法律依据】
《民法典》 第一千零七十九条，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民提起离婚诉讼。人民审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。